公道的科學判斷

十八世紀,天花病毒仍然肆虐,傳染性高,死亡率達三成,在歐洲每年有四十萬人因天花死亡。天花無藥可治,醫生束手無策。然而,當年坊間有個觀察,感染過牛痘的牛奶女工,似乎對天花是免疫的,甚至可以照顧天花病人而相安無事,這後來也成為了醫生的共識。爵士提(Benjamin Jesty) 是個農夫,感染過牛痘,1774年天花來襲,他為了保護妻兒,忽發其想,帶他們到牛場,並用針將牛痘的膿液刺進妻兒的手臂中。有足夠證據證明會有用嗎?沒有,只能算是勉強相關。相關性不代表是因果,而且他們沒有感染牛痘病,只是有點反應而已,你甚至可以說Irreverent。當時,所有鄰居覺得他痴線的,直至廿年後,詹納(Edward Jenner)醫生對二百個人做了經典的疫苗實驗,才奠定了疫苗的基礎,更令天花自上世紀完全消失,成為十八世紀最大的醫學發現。農夫爵士提,就成了首位做用疫苗的人。

爵士提的試驗,對像只有三個,而且沒有對照組,也沒有發表同儕審核的論文,甚至根本無科學理論基礎!因為直到一百年後,1864年巴士德(Louis Pasteur)的疾病細菌學說前,都沒有人知道傳染病由微生物導致,更遑論病毒學和免疫學知識。按今日的標準,是不及格,甚至會被視為無知愚民所為。不及格,的確不能視為正規科學研究,然而,如果你隨意就否定了這些坊間觀察,天花疫苗也許就不知道要遲多久才出現了。

有人提到想聽我對醫科生大戰的意見,但我最近要趕兩篇研究原稿,忙得要死,所以醫科理科朋友,Pubmed就好了,科學意見沒有專利的,不是說有學位才能指點的。(當然,有些沒有做過科研,不懂科學,但又自以為科學戰士的,大有人在,有空才評論一下。)

科學切忌先入為主,要以事論事,要公道。不公道的人,不要說在坊間,就算在學術界也大有人在,不然就不會有萬惡的Reviewer Number 2,千方百計也要弄死你的論文。爭辯,是可以的,但要看你針對人,還是針對事。若然科學是錯的,你也以科學的名義分享,就是不公道,就是不科學。非科學家,有科學不準確的講法,我可能容許,但我不會因為私人立場而以科學名義分享,這是我對我科學家專業的尊重。而香港的寫手,有否這個尊重,還是借專業之名打擊異己,為虎作倀,自有公道。(我也認識有好的寫手,但很少。)

科學思考,不是背書,科學理論日新月異,必須與時並進,而且要放下偏見。當然,只要你認為理據足夠,偏執也是容許的,例如Barry Marshall 為了向打死也不信胃有細菌的同事證明胃病由幽門螺旋桿菌導致,整瓶細菌飲下去,結果真的得了胃病,也因此拿了諾貝爾獎。而各持己見做死對頭一輩子的人,在科學界多的是,科學要靠這些激辯與競爭進步,不應是一言堂。

對罵,也是以事論事。大膽假設,小心求證,不要為了當下的科學範式,隨意否定一些粗疏的觀察,才能使科學進步。除非是錯到離譜,違反現有證據,明顯是亂用科學詞語的騙案,否則你都不應隨意以科學名義否定別人的觀察。另外,科學除了講實證,也講合理性(Plausibility)。

酒精能否殺菌消毒?可以。酒精搓手液能否減低病原體傳播?視乎使用時間和份量。只用酒精搓手液能否代替洗手?不能。群眾用酒精搓手液能否減低武漢肺炎傳播率?不知道,因為沒有證據。然而,我用不用酒精搓手液?用,因為我有合理理由,由現由科學知識,推測使用酒精搓手液能減低感染機會。

證據不足,卻是合理的判斷,而且也強調酒精搓手液不能取代洗手,就是可接受的論述。然而,由於證據不足,這只是我個人判斷。我不可能因此要求全部人都用酒精搓手液,也不應用公帑建廠大造酒精搓手液,或者批鬥不用酒精搓手液的人,因為涉及利益瓜葛和公民自由。這就是公共判斷。

講到尾,說是公道二字。對人要公道,科學與個人判斷和公共判斷的關係,也要公道。其實有私人恩怨,人之常情,但故作公道,曲解對手,甚至為了打擊對手,完全用另一套標準,就是人格有虧。我在沒有明確政治立場前,就已經決定不加入某些群體,是有原因的。公道自在人心。

回應《以基因組研究發掘武漢肺炎起源》- 不要隨便將假說講成「陰謀論」

【不要隨便將假說講成「陰謀論」】

稍為講講科學期刊的新聞稿,之前建議過大家讀的,比較直白地講出暫時已知的分子證據,如何用以推測病毒起源,值得一看。不過有兩點想補充。

第一點,純粹是因為我是科學宅,順便更正一下文章的一句”So it likely took decades for RaTG13-like viruses to mutate into 2019-nCoV.” (武漢肺炎病毒用了幾十年時間由蝙蝠RaTG13病毒突變而成。)這句不準確。準確的說法是,假設病毒突變率穩定,RaTG13和武漢肺炎病毒在幾十年前分支。黑猩猩和人類千萬年前分支,不代表黑猩猩用了千萬年演化成人,好嗎?😑

第二點,文中提到美國羅格斯大學微生物學研究所,從事分子生物學研究的Richard Ebright教授,多年指出中國病毒研究和武漢P4實驗所的安全成疑,他認為,按照如今數據,病毒自然發生或者實驗室洩漏都有可能。這點和我看法一致,未有證據證明是人為,但數據也沒有否定洩漏可能。

武漢病毒研究所的多年合作者,EcoHealth Alliance的Peter Daszak表示不認同Ebright的講法,指每次有新病毒,人們都講是洩漏,總要接受這些爭議和傳說(myths)。(“Every time there’s an emerging disease, a new virus, the same story comes out: This is a spillover or the release of an agent or a bioengineered virus,” Daszak says. “It’s just a shame. It seems humans can’t resist controversy and these myths, yet it’s staring us right in the face.)其實這樣的說法是不公道的,沒有科學證據證明不是洩漏,而Ebright也只是合理推測,沒有曲解數據,的而且確有可能是洩漏。你不能因為推測涉及指控人為的疏忽或陰謀,就能以一句Myth或陰謀論否定人的。(2004年北京實驗室就真的洩漏過一次沙士,怎了,很陰謀嗎?)

最後,Daszak表示,要追查起源,才能避免這樣的疫症再現。不找出起源,就算這症情被遏止,病毒都可能在某農場醞釀,持續洩漏出來,沒完沒了。(If we don’t find the origin, it could still be a raging infection at a farm somewhere, and once this outbreak dies, there could be a continued spillover that’s really hard to stop.)

咦,你說洩漏?Spillover?在人工的農場洩漏病毒出來?一定是陰謀論啦,對不對?

https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins

《WARS序列的人工設計證據?》

《WARS序列的人工設計證據?》

讀者來信,講起有待印論文提出WARS有愛滋病病毒的成份,所以懷疑是人工設計的。然而老實說我不能認同。

這篇待印(preprint)論文,拿了沙士和WARS序列比對,發現有四個WARS獨有的插入序列,然後發現這四個序列和愛滋病病毒的結構蛋白序列很相近,還不是人工設計的?!

乍看是有論據,然而,處理生物訊息學大數據,必須要考慮統計,因為當你看了幾千萬個生物樣本,難免因為巧合,會見到某動物的基因組裡寫著「天滅中共」的基因密碼。就正如彩票中獎率再低,買的人夠多,也總有人中的。

所以,第一,最基本,他要提供隨機地出現這些序列的可能,特別這些序列是極短的。然而他連這樣基本的也沒做。第二,除了隨機以外,也可能是因為這些序列本來就常出現在各種蛋白入面,只是碰巧沙士無而WARS有 。也許是序列對蛋白的一般功能或穩定性有用。有人已發現其實這些序列在其他生物經常出現。三,其他在蝙蝠裡的SARS近親有這些序列,所以不能說明這些序列是人工後加的。(除非這些蝙蝠病毒也是人工修改的?!)

順帶一提,見到是待印論文,都要特別小心,因為是未經過同儕審核的,誰都可以發表。當然,就算經過同儕審核的正式論文,也有很多垃圾。(所以需要科學家這專業啊…)

我沒有很仔細看這論文,第一印象覺得很廢就沒花太多時間,時間寶貴。不過有興趣可以幫忙發掘下,也許解答了上面幾個核心問題後你會有新發現。

待印論文:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1

《武漢肺炎起源單一,極短時間內已經人傳人》

已確認:
1.) 首名確診病人沒有到訪過野味市場
2.) 病毒樣本的基因組多樣性極低,有八組是完全一樣的(其中部份病人沒有到訪過野味市場),在廣東和深圳的樣本則有一個突變,然而非常可能只是技術差異。這說明病毒極短時間內已經發展成人傳人。
3.) 從第二點可見,病毒來自單一源頭,也許是單一或單一群體的動物引入到武漢,接觸多人,然後大爆發。
4.) 但是,首名確診病人沒有到訪野味市場,他又是如何染病呢?
5.) 又是誰將這單一病毒源帶到武漢呢?真正的原爆點又是哪裡?

簡單講,一開始所謂「沒有人傳人」,或者「有限度人傳人」,要不是騙人,要不是無知,病毒很早期已經人傳人。中國和世衛到處宣揚不用擔心是靠害。

圖像裡可能有文字

刺針相關論文:https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext#fig1

早期樣本演化樹:
http://virological.org/t/preliminary-phylogenetic-analysis-of-11-ncov2019-genomes-2020-01-19/329
http://virological.org/t/phylogenetic-analysis-of-23-ncov-2019-genomes-2020-01-23/335