公道的科學判斷

十八世紀,天花病毒仍然肆虐,傳染性高,死亡率達三成,在歐洲每年有四十萬人因天花死亡。天花無藥可治,醫生束手無策。然而,當年坊間有個觀察,感染過牛痘的牛奶女工,似乎對天花是免疫的,甚至可以照顧天花病人而相安無事,這後來也成為了醫生的共識。爵士提(Benjamin Jesty) 是個農夫,感染過牛痘,1774年天花來襲,他為了保護妻兒,忽發其想,帶他們到牛場,並用針將牛痘的膿液刺進妻兒的手臂中。有足夠證據證明會有用嗎?沒有,只能算是勉強相關。相關性不代表是因果,而且他們沒有感染牛痘病,只是有點反應而已,你甚至可以說Irreverent。當時,所有鄰居覺得他痴線的,直至廿年後,詹納(Edward Jenner)醫生對二百個人做了經典的疫苗實驗,才奠定了疫苗的基礎,更令天花自上世紀完全消失,成為十八世紀最大的醫學發現。農夫爵士提,就成了首位做用疫苗的人。

爵士提的試驗,對像只有三個,而且沒有對照組,也沒有發表同儕審核的論文,甚至根本無科學理論基礎!因為直到一百年後,1864年巴士德(Louis Pasteur)的疾病細菌學說前,都沒有人知道傳染病由微生物導致,更遑論病毒學和免疫學知識。按今日的標準,是不及格,甚至會被視為無知愚民所為。不及格,的確不能視為正規科學研究,然而,如果你隨意就否定了這些坊間觀察,天花疫苗也許就不知道要遲多久才出現了。

有人提到想聽我對醫科生大戰的意見,但我最近要趕兩篇研究原稿,忙得要死,所以醫科理科朋友,Pubmed就好了,科學意見沒有專利的,不是說有學位才能指點的。(當然,有些沒有做過科研,不懂科學,但又自以為科學戰士的,大有人在,有空才評論一下。)

科學切忌先入為主,要以事論事,要公道。不公道的人,不要說在坊間,就算在學術界也大有人在,不然就不會有萬惡的Reviewer Number 2,千方百計也要弄死你的論文。爭辯,是可以的,但要看你針對人,還是針對事。若然科學是錯的,你也以科學的名義分享,就是不公道,就是不科學。非科學家,有科學不準確的講法,我可能容許,但我不會因為私人立場而以科學名義分享,這是我對我科學家專業的尊重。而香港的寫手,有否這個尊重,還是借專業之名打擊異己,為虎作倀,自有公道。(我也認識有好的寫手,但很少。)

科學思考,不是背書,科學理論日新月異,必須與時並進,而且要放下偏見。當然,只要你認為理據足夠,偏執也是容許的,例如Barry Marshall 為了向打死也不信胃有細菌的同事證明胃病由幽門螺旋桿菌導致,整瓶細菌飲下去,結果真的得了胃病,也因此拿了諾貝爾獎。而各持己見做死對頭一輩子的人,在科學界多的是,科學要靠這些激辯與競爭進步,不應是一言堂。

對罵,也是以事論事。大膽假設,小心求證,不要為了當下的科學範式,隨意否定一些粗疏的觀察,才能使科學進步。除非是錯到離譜,違反現有證據,明顯是亂用科學詞語的騙案,否則你都不應隨意以科學名義否定別人的觀察。另外,科學除了講實證,也講合理性(Plausibility)。

酒精能否殺菌消毒?可以。酒精搓手液能否減低病原體傳播?視乎使用時間和份量。只用酒精搓手液能否代替洗手?不能。群眾用酒精搓手液能否減低武漢肺炎傳播率?不知道,因為沒有證據。然而,我用不用酒精搓手液?用,因為我有合理理由,由現由科學知識,推測使用酒精搓手液能減低感染機會。

證據不足,卻是合理的判斷,而且也強調酒精搓手液不能取代洗手,就是可接受的論述。然而,由於證據不足,這只是我個人判斷。我不可能因此要求全部人都用酒精搓手液,也不應用公帑建廠大造酒精搓手液,或者批鬥不用酒精搓手液的人,因為涉及利益瓜葛和公民自由。這就是公共判斷。

講到尾,說是公道二字。對人要公道,科學與個人判斷和公共判斷的關係,也要公道。其實有私人恩怨,人之常情,但故作公道,曲解對手,甚至為了打擊對手,完全用另一套標準,就是人格有虧。我在沒有明確政治立場前,就已經決定不加入某些群體,是有原因的。公道自在人心。

《專業的豬》

《專業的豬》
你可以選擇做被圈養的豬,也可以選擇做拯救豬的人。不過,後者會成為痴線佬。他們會無視你解救豬的正職,諸多批評你無關的知識。哎呀,他不像我,我是懂微生物學的豬。你看他居然批評豬農用抗生素啊!你可知道我們生活這麼密集的豬群,如果不用抗生素會有什麼後果嗎?更甚,豬甚至會說,他居然批評豬農打激素啊!知道不打激素,豬農不能盈利,我們會有甚麼後果嗎?你無科學知識!你批評我!你是痴線佬。

反對核武的人,不需要知道核裂變的物理學基礎,也不需要知道是哪個年份,由哪個科學家提出的。只要知識不與應有判斷相違背,你不可能說,「你的物理學是錯的所以你不能反對核武。」,「你的編程知識是錯的所以你不能反對Facebook」。否則共產黨也能叫「你的共產主義知識是錯的所以你不能反對我」,然而,共產黨的惡行和共產主義是什麼根本是無關的。

這是個後理性時代,感覺永遠優先,甚至「以為自己很至理性」的感覺,也超越了理性本身。追求「我很理性」,引誘人自作聰明,中了權貴的陷阱。批評了反疫苗的智障理論,連中學生都曉批評的東西,就覺得,嘩,我好理性啊,我好優越啊,甚至自作聰明到會為藥廠的權威辯護,沒藥廠你就沒藥食啦,不要質疑藥廠。你會不會說,沒地產商就沒樓住,所以不要質疑地產商?

你是最聰明的人,完成了連中學生都會的批判,卻令藥廠世衛等成了無上權威,到今日武漢肺炎爆發,才驚世大發現,哎呀!原來公開的醫學公共衛生組織,可以是錯的啊。對啊,聰明人,天才,不就是你充當理性份子時順道養出來的嗎?

大學的訓練,成了職業培訓所,沒有哲學訓練,你是要交稅的豬而已,不需要思考。我不知道哲學系如何,起碼如今做科學的博士,都是不需要懂科學哲學的,只是計數和做實驗的職業訓練而已。甚至,科學家智力是最高,卻是最蠢的豬,明明整個學術界是以學生和Postdoc的人血來維持,卻乖乖地受死,連做麥當勞的也不會受這種大規模壓榨。所謂的Doctor of Philosophy,可謂有辱Philosophy之名,你根本不愛思考,不愛知識,不是博士,只是專士,只是會點專業的豬而已。

當你見到世界充斥這種人,不要傷心,自己活得好一點,然後見著這些豬自取滅亡,也是樂事。而且,除了選擇做豬或解救豬的人,還有第三個選項,你可以做豬農的。

回應《以基因組研究發掘武漢肺炎起源》- 不要隨便將假說講成「陰謀論」

【不要隨便將假說講成「陰謀論」】

稍為講講科學期刊的新聞稿,之前建議過大家讀的,比較直白地講出暫時已知的分子證據,如何用以推測病毒起源,值得一看。不過有兩點想補充。

第一點,純粹是因為我是科學宅,順便更正一下文章的一句”So it likely took decades for RaTG13-like viruses to mutate into 2019-nCoV.” (武漢肺炎病毒用了幾十年時間由蝙蝠RaTG13病毒突變而成。)這句不準確。準確的說法是,假設病毒突變率穩定,RaTG13和武漢肺炎病毒在幾十年前分支。黑猩猩和人類千萬年前分支,不代表黑猩猩用了千萬年演化成人,好嗎?😑

第二點,文中提到美國羅格斯大學微生物學研究所,從事分子生物學研究的Richard Ebright教授,多年指出中國病毒研究和武漢P4實驗所的安全成疑,他認為,按照如今數據,病毒自然發生或者實驗室洩漏都有可能。這點和我看法一致,未有證據證明是人為,但數據也沒有否定洩漏可能。

武漢病毒研究所的多年合作者,EcoHealth Alliance的Peter Daszak表示不認同Ebright的講法,指每次有新病毒,人們都講是洩漏,總要接受這些爭議和傳說(myths)。(“Every time there’s an emerging disease, a new virus, the same story comes out: This is a spillover or the release of an agent or a bioengineered virus,” Daszak says. “It’s just a shame. It seems humans can’t resist controversy and these myths, yet it’s staring us right in the face.)其實這樣的說法是不公道的,沒有科學證據證明不是洩漏,而Ebright也只是合理推測,沒有曲解數據,的而且確有可能是洩漏。你不能因為推測涉及指控人為的疏忽或陰謀,就能以一句Myth或陰謀論否定人的。(2004年北京實驗室就真的洩漏過一次沙士,怎了,很陰謀嗎?)

最後,Daszak表示,要追查起源,才能避免這樣的疫症再現。不找出起源,就算這症情被遏止,病毒都可能在某農場醞釀,持續洩漏出來,沒完沒了。(If we don’t find the origin, it could still be a raging infection at a farm somewhere, and once this outbreak dies, there could be a continued spillover that’s really hard to stop.)

咦,你說洩漏?Spillover?在人工的農場洩漏病毒出來?一定是陰謀論啦,對不對?

https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins

林鄭:以科技監控抗疫

Their true intent.
新自由主義社會的慣常操作:首先製造恐懼,例如縱容恐襲、瘟疫、犯罪等等,再利用你的恐懼,增強警力、引入監控、制定惡法,令社會變成大監獄。
因為你覺得,難道容許恐怖分子通街走?難道容許帶菌者四圍播毒?於是再違反人權的事情你也接受。直至一日,你成了異見者。

而所謂的民主鬥士,都會為正義為藉口,無所不用其極地幫助政府通過惡法。無知的群眾,以為多一條法律,社會就更加正義了。所以未當頭棒喝時,他們會支持購買水炮車、建立城市大數據、動用緊急法、定XX法XX法,這又犯法那又犯法的。

這時你會說一句,「行得正企得正,怕咩啊?」。中国人也常說,監控令他們覺得更安全,愛国愛黨的良好市民,不用怕!

《WARS序列的人工設計證據?》

《WARS序列的人工設計證據?》

讀者來信,講起有待印論文提出WARS有愛滋病病毒的成份,所以懷疑是人工設計的。然而老實說我不能認同。

這篇待印(preprint)論文,拿了沙士和WARS序列比對,發現有四個WARS獨有的插入序列,然後發現這四個序列和愛滋病病毒的結構蛋白序列很相近,還不是人工設計的?!

乍看是有論據,然而,處理生物訊息學大數據,必須要考慮統計,因為當你看了幾千萬個生物樣本,難免因為巧合,會見到某動物的基因組裡寫著「天滅中共」的基因密碼。就正如彩票中獎率再低,買的人夠多,也總有人中的。

所以,第一,最基本,他要提供隨機地出現這些序列的可能,特別這些序列是極短的。然而他連這樣基本的也沒做。第二,除了隨機以外,也可能是因為這些序列本來就常出現在各種蛋白入面,只是碰巧沙士無而WARS有 。也許是序列對蛋白的一般功能或穩定性有用。有人已發現其實這些序列在其他生物經常出現。三,其他在蝙蝠裡的SARS近親有這些序列,所以不能說明這些序列是人工後加的。(除非這些蝙蝠病毒也是人工修改的?!)

順帶一提,見到是待印論文,都要特別小心,因為是未經過同儕審核的,誰都可以發表。當然,就算經過同儕審核的正式論文,也有很多垃圾。(所以需要科學家這專業啊…)

我沒有很仔細看這論文,第一印象覺得很廢就沒花太多時間,時間寶貴。不過有興趣可以幫忙發掘下,也許解答了上面幾個核心問題後你會有新發現。

待印論文:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1

防疫照溝女

【舞照跳,女照溝】

因為防疫,可能避免了拜年、購物、相聚。

但我有感,見到疫症,見到醫護要面對的壓力,大家都沒心賀年了,連網上都不祝福,日日都死死聲,大吉利是。

放心,傳染力再高,病毒也是不會經過網上傳染的。然而,恐懼與鬱悶,是會經過網絡傳播,而且傳播得更厲害。

不行街,也可網上購物;不團拜,也可致電賀年;不相聚,也可互相祝福。不要被恐懼佔據。

理性地預備防疫,注意衛生,然後樂觀面對,舞照跳,女照溝。反正也是躲在家中,與其做毒男,不如賀年,購物,搞搞藝術創作。樂觀,不是無時無刻正能樣,而是在逆境下,用希望和信仰來面對。

連中共港共都打不倒你的意志,沒理由病毒會打倒你的意志。

Until evilness and disaster manifest.

“People won’t believe the imminent evilness and disaster, until they manifest. Then people forget again. Those who witness the past and warn the future, you call them madmen.”

在邪惡和災難顯現之前,人們都不願相信其可能,覺得只是杞人憂天,直到其真實出現。然後人們忘記。親身見證過的人,他們警告你,然後你控訴他們是瘋子。

直到你自己親身體驗惡果。

經過六四,你都可以忘記,然後縱容中共,令牠成為了危害世界的大魔頭,甚至可能導致一場大瘟疫。有人告訴你,共匪會在街頭毆打你,強姦你,你卻控訴人危言聳聽,甚至禁言滅聲人格謀殺。因為在2019年之前,你都是既得利益者,輕輕忽忽地叫嚷民主,報警拘捕「蒙面暴徒」,顯得你有多偉大。叫了三十年,燭光了三十年,中共還不是因為你多年的縱容而崛起?

就正如我會警告你,要小心世衛及衛生防衛部門的利益輸送,你卻因為他們是「科學機構」而無視。在此之前,你覺得沒所謂啦,反對他們的人都是反疫苗傻佬陰謀論者。直至今人世衛公然為中共護航,瘟疫一發不可收拾,你才猛然發現,原來科學組織也是人,人就有人性,就有作惡的可能。理性客觀地監察,才能保障公眾利益。

算吧啦,我隨便找一堆偽科學Guru反對我,你就會幫我護航啦。

《武漢肺炎起源單一,極短時間內已經人傳人》

已確認:
1.) 首名確診病人沒有到訪過野味市場
2.) 病毒樣本的基因組多樣性極低,有八組是完全一樣的(其中部份病人沒有到訪過野味市場),在廣東和深圳的樣本則有一個突變,然而非常可能只是技術差異。這說明病毒極短時間內已經發展成人傳人。
3.) 從第二點可見,病毒來自單一源頭,也許是單一或單一群體的動物引入到武漢,接觸多人,然後大爆發。
4.) 但是,首名確診病人沒有到訪野味市場,他又是如何染病呢?
5.) 又是誰將這單一病毒源帶到武漢呢?真正的原爆點又是哪裡?

簡單講,一開始所謂「沒有人傳人」,或者「有限度人傳人」,要不是騙人,要不是無知,病毒很早期已經人傳人。中國和世衛到處宣揚不用擔心是靠害。

圖像裡可能有文字

刺針相關論文:https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30183-5/fulltext#fig1

早期樣本演化樹:
http://virological.org/t/preliminary-phylogenetic-analysis-of-11-ncov2019-genomes-2020-01-19/329
http://virological.org/t/phylogenetic-analysis-of-23-ncov-2019-genomes-2020-01-23/335

【政治與專業】(回應梁卓偉相信世衛科學一說)

【政治與專業】(回應梁卓偉相信世衛科學一說)

抗疫政策不是政治是什麼?政策要摒棄政治考慮?你腦生草嗎?然後,既然是科學決定,為何不提出科學證據,而是說「相信世衛」?在我看,「相信世衛」,是信仰,不是科學啊。

政治,是人之事。政治智慧,比科學知識重要。政治,要參考科學,但科學考慮只是政治的部分。因為政治也包含了各種範疇的經驗,人權、國防、歷史、可行性等,也包括了對人性的考慮。你考慮了來自中共的片面「科學證據」,有否也考慮中共經常隱瞞造假?有否考慮過中國感染者會主動輸出病毒?有否考慮過中共和世衛的利益來往?(做科學研究,也要有financial disclosure啦!)

政治判斷,先於專業知識。科學不準確,但做對決定,好過科學準確,但做錯決定。一個頂尖的現代物理學家,如果選擇了幫納粹黨造原子彈,那他還不如一個無知婦人。(當然,科學結論是科學的事,就只有科學考慮,不然,計錯數是原子彈也做不出來的。)朱克伯格的聽證會,你會嘲笑年老參議員問「技術錯誤」的問題,以為他們是廢老,卻不知道他們是保衛你們的私隱與自由,也是用睿智和老年人的經驗引出他們需要的答案,薑是老的辣。技術知識不準確,但捍衛人權自由卻非常正確。

科學家偉大,純粹是因為他們做了什麼實驗嗎?最偉大的科學家,對世界都有其見解,不局限於他們的專業世界。他們的專業,啟發了思考,但不代表凡事也只能用一個專業的角度出發。記得林超英如何很「科學」地說天氣警告只有科學考慮嗎?後來,他「科學」到會為屯門毒氣開脫了?思想狹隘,就令人不智,有專業知識,卻無政治智慧。

如今看似難有很偉大的科學家,也許因為「博士」訓練,早已變成「專士」訓練,是學術界的職業培訓所而已。

類沙士病毒演化樹

看了其他更詳細的演化樹,最接近WARS的是浙江舟山的蝙幅病毒樣本,而最接近沙士的是雲南的蝙幅病毒樣本。類WARS病毒是比較獨立的分支,只有浙江舟山樣本較接近。
有幾個可能:
1. 類WARS病毒一直存於廣泛地區的蝙幅或中介群體,但在大爆發之前未被發現。需要搜集各地蝙蝠和其他動物樣本測試這假說。
2. 人類在逝江感染了類WARS病毒後,帶到了武漢,並突變成人傳人WARS導致大爆發。
3. 感染了類WARS病毒的蝙蝠或中介被帶到了武漢,並感染當地中介或人類,突變成人傳人WARS導致大爆發。

演化樹來源及排序方法:https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov?c=clade_membership&p=full

參考:https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006698